Habib Muhammad bin Agil dilahirkan di Kota Seiyun dan menerima pendidikan awal dari ayahnya. Kemudian beliau banyak menghabiskan waktunya dengan menekankan ilmu Nahu disamping ilmu lain. Beliau senantiasa melazimi habib Muhammad bin Musa Al Habsyi, Habib Ahmad bin Alwi Al Habsyi, dan para alim ulama di kota Seiyun. Beliau juga sering berulang kali pergi dari kota Seiyun ke kota Tarim untuk mengambil mutiara ilmu dari para ulama dan auliya disana.
Semasa rubat Tarim ditutup buat sementara, ramai pelajarnya berpindah ke Baidho menyambung pengajian dibawah tarbiyah Al Allamah Ad Dae’i Ilallah Al Habib Muhammad bin Abdullah Al Haddar yang tidak ketinggalan juga Habib Muhammad turut berangkat ke kota Baidho. Walaupun kurang dipersetujui oleh ayahnya pada mulanya, beliau tetap menyakinkan keluarganya bahwasannya kepergiannya kelak akan pulang sebagai tokoh agama yang mahir segenap bidang ilmu.
Pada masa tersebut Rubat Biadho masyur sebagai sebuah pusat pengajian yang ramai muridnya termasuk Al Habib Zein bin Smith dan Al Habib Omar bin Hafiz yang pada masa itu merupakan murid utama dan dijadikan sebagai tempat rujukan para pelajar. Pernah suatu hari semua majlis bersama dengan Habib Muhammad AlHaddar, para pelajar berkumpul termasuk Habib Muhammad bin Agil yang berada di bagian belakang. Lalu para pelajar diberi soal tentang Nahu dan diminta untuk menjawab. Tidak ada seorangpun mampu untuk menjawab, lalu Habib Muhammad Al Haddar menunjukan jari kepada Habib Muhammad bin Agil maka dijawabnya dengan tepat sehingga mula saat itu Habib Muhammad bin Agil senantiasa dikasihi oleh Habib Muhammad Al Haddar. Bahkan, habib Muhammad bin Agil ditawarkan dan dinikahan bersama puteri Habib Muhammad Al Haddar sendiri yang merupakan guru futuhnya.
Kini, rubath fatah di Seiyun diperbesarkan bangunannya yang di anggarkan mampu menampung beratur-ratus pelajar. Pada mulanya, pelajar di Rubat Fatah dianggarkan sekitar 100 orang yang majoritas dari Malaysia, Indonesia, Thailand dan Singapura. Setelah peperangan yang terjadi baru-baru ini, para pelajar diberi izin pulang ke negara masing-masing yang tinggal hanya sekitar 10 orang saja.
Sumber:
Nasri, Irfan Nazhan Mohd. 2016. Tarim dan Sekitarnya, Kota Ahli Bayt dan 1001 Auliya. Hadramaut. PERMAYA.